XRF-analysaattoreiden, kuten kaikkien muidenkin laitteiden, turvallinen käyttö edellyttää tietoa oikeasta käyttötavasta.
Käyttäjien koulutus on laissa säädettyä: toiminnanharjoittajan vastuulla on huolehtia säteilytoimessa mukana olevan henkilöstön asianmukaisesta säteilyturvallisuuskoulutuksesta sekä ylläpidettävä henkilöstön säteilyturvaosaamista.